刘永鑫
中国农业科学院深圳农业基因组研究所
中国农业科学院深圳农业基因组研究所
2014年博士毕业于中国科学院大学生物信息学专业，之后在中国科学院遗传与发育生物学研究所工作历任博士后、工程师、高级工程师，2022年10月加入中国农业科学院深圳农业基因组研究所担任课题组长。研究方向为宏基因组方法、食品微生物组和科学传播。参与QIIME 2项目，主导开发了易扩增子(EasyAmplicon)、易宏基因组(EasyMetagenome)、培养组(Culturome)分析流程、数据分析网站(EVenn、ImageGP) 和R包(amplicon、ggClusterNet)等，目标是全面打造宏基因组领域方法学基础设施，推动微生物组学发展。以(共同)第一或通讯作者在Nature Biotechnology、Nature Microbiology、iMeta等期刊发表论文20余篇。合作在Science、Cell Host & Microbe、Microbiome等期刊发表论文20余篇，累计发表论文40余篇，被引10000+次。主编《微生物组实验手册》专著，由300多位同行参与，共同打造本领域长期更新的中文百科全书。创办宏基因组公众号，14万+同行关注，分享原创文章3千余篇，累计阅读量超3千万，打造本领域最具影响力的科学传播平台。发起《iMeta》期刊，联合全球千位专家共同打造宏基因组学、微生物组和生物信息学顶刊，解决我国本领域期刊出版卡脖子问题。
[1]Reproducible, interactive, scalable and extensible microbiome data science using QIIME 2
Nature biotechnology 37 (8), 852-857
[2]QIIME 2: Reproducible, interactive, scalable, and extensible microbiome data science
[3]NRT1.1B is associated with root microbiota composition and nitrogen use in field-grown rice
[4]A specialized metabolic network selectively modulates Arabidopsis root microbiota
[5]A practical guide to amplicon and metagenomic analysis of microbiome data
[6]Expression of the nitrate transporter gene OsNRT1. 1A/OsNPF6. 3 confers high yield and early maturation in rice
[7]Root microbiota shift in rice correlates with resident time in the field and developmental stage
[8]ImageGP: An easy‐to‐use data visualization web server for scientific researchers
[9]EVenn: Easy to create repeatable and editable Venn diagrams and Venn networks online
[10]Reductionist synthetic community approaches in root microbiome research