人口健康科学数据仓储（Population Health Data Archive, PHDA）是国家人口健康科学数据中心重要的数据仓储。由中国医学科学院医学信息研究所负责仓储的研发建设、运维管理和安全保障。人口健康科学数据仓储致力于在“高效统一、系统整合、安全规范、按需共享”的原则基础上，实现支持多来源（包括国家财政预算支持的科技项目、卫生健康委、药监局、中国疾病预防控制中心等医疗卫生部门和机构，社会个人等来源）、多学科领域（如生物学、基础医学、临床医学、公共卫生、药学、中医药学、人口与生殖和心理学等），多类型（包括问卷数据、标本数据、临床数据、实验室检测结果、基因检测数据、医学影像数据等）科学数据的注册、汇交、审核、质控、存储、长期保存、认证、分析、挖掘、评价和共享等数据全链条管理功能，持续整合和挖掘数据价值，创新数据服务模式，为社会各个层面用户提供全方位、多层次和个性化人口健康科学数据共享服务。2021年，人口健康科学数据仓储获得CoreTrustSeal全球核心可信存储库国际认证，是人口健康相关领域亚洲及中国首家通过该国际认证的数据仓储，表明仓储的数据汇聚、规范管理、可信存储、权益保护、长期保存和持续服务能力等得到国际性认可。